Средняя школа – интернат № 3, правопреемником которой является лицей № 3, была открыта в 1961 году.
С 1978 года лицей был единственным образовательным учреждением края, предоставлявшим образовательные услуги по принципу круглосуточного пребывания обучающихся, и являлся базовой школой Алтайского государственного университета. Традиционно на протяжении более тридцати лет профильные 10 классы комплектовались на 90 % из числа детей, приехавших из полусотни районов Алтайского края, республик Алтай и Казахстан, Новосибирской области. Главной особенностью этого контингента учащихся являлся высокий уровень мотивации не только к учению, но и к достижению успеха.
В 2009 году произошла реорганизация лицея путём присоединения МОУ «СОШ №12» к МОУ «Лицей №3» и переходом в здание МОУ «СОШ №12». В результате этого значительно уменьшилось количество иногородних лицеистов (до 20%), контингент лицея формируется в основном из детей, проживающих на территории микрорайона (около 60%) и г. Барнаула (до 20%). Изменение качества условий и контингента обучающихся определило новые направления деятельности лицея: обеспечение доступности образования (микрорайон), формирование толерантности участников образовательного процесса, расширение социального партнёрства.
В настоящее время лицей реализует 5 инновационных проектов по направлениям:
-
«Здоровьесберегающее воспитание и развитие навыков безопасного поведения» в рамках «Программы развития воспитательной компоненты в образовательных учреждениях» (Пилотная школа, приказ Главного управления образования и молодежной политики Алтайского края № 4413 от 11.10.2013).
-
Правовое воспитание «Право. Выбор. Ответственность.» в рамках «Программы развития воспитательной компоненты в образовательных учреждениях» (Базовая площадка, приказ Главного управления образования и молодежной политики Алтайского края № 4413 от 11.10.2013).
-
«Доступная среда» (Ресурсная базовая школа совместного обучения детей-инвалидов, обучающихся с ограниченными возможностями здоровья и лиц, не имеющих нарушений развития в городе Барнауле, приказ Главного управления образования и молодежной политики Алтайского края от 09.09.2014 № 4771 «О внесении изменений в приказ Главного управления образования и молодежной политики Алтайского края от 18.02.2013 № 584», Приказ комитета по образованию от 14.03.2014 №343 «Об утверждении перечня ресурсных базовых школ совместного обучения детей-инвалидов, обучающихся с ограниченными возможностями здоровья и лиц, не имеющих нарушений развития в городе Барнауле»).
-
«Вариативные модели создания и организации деятельности школьных служб примирения» (Стажировочная площадка, приказ Главного управления образования и молодежной политики Алтайского края от 28.11.2014 № 6329 «О реализации пилотного проекта «Школьные службы примирения» в 2014 – 2015 учебном году»).
-
«Формирование и повышение жизнестойкости подростков» (Пилотная общеобразовательная организация краевого проекта по формированию навыков жизнестойкости обучающихся, приказ Главного управления образования и молодежной политики Алтайского края от 14.10.2015 № 1730 «О реализации краевого проекта по формированию навыков жизнестойкости обучающихся в 2015/2016 учебном году»).